Шифрування файлів на iPad перед надсиланням їх на GitHub має важливе значення для забезпечення безпеки даних. Використання програми WorkingCopy для редагування та надсилання файлів не підтримує шифрування безпосередньо. Однак для шифрування файлів можна використовувати бібліотеку pyAesCrypt Python або програму iSH із OpenSSL. Крім того, програми сторонніх розробників, такі як Cryptomator, пропонують безпечні рішення для зберігання зашифрованих файлів у хмарних службах.