Зберігання чіткої та ретельної документації вимагає розуміння того, як доксиген обробляє успадкування в декількох проектах c ++ . Базові класи часто ідентифікуються при використанні тегів файлів , хоча похідні класи з інших проектів можуть бути відсутніми. Правильно налаштуючи, комбінуючи файли тегів та ввімкнувши додаткові налаштування, такі як have_dot , цю проблему можна вирішити. Втілюючи ці тактики на практиці, розробники можуть легше орієнтуватися на великі системи, оскільки вся ієрархія класу відображається точно.