Att hålla tydlig och grundlig dokumentation kräver en förståelse för hur doxygen handtag arv i flera C ++ -projekt. Basklasser identifieras ofta när du använder taggfiler , även om härledda klasser från andra projekt kanske inte är närvarande. Genom att korrekt konfigurera, kombinera taggfiler och slå på extra inställningar som har_dot kan detta problem lösas. Genom att genomföra dessa taktiker kan utvecklare lättare navigera i stora system eftersom hela klasshierarkin visas exakt.