Šifriranje datotek na iPadu, preden jih prenesete v GitHub, je bistveno za ohranjanje varnosti podatkov. Uporaba aplikacije WorkingCopy za urejanje in potiskanje datotek ne podpira neposrednega šifriranja. Vendar pa lahko za šifriranje datotek uporabite Pythonovo knjižnico pyAesCrypt ali aplikacijo iSH z OpenSSL. Poleg tega aplikacije tretjih oseb, kot je Cryptomator, ponujajo varne rešitve za shranjevanje šifriranih datotek v storitvah v oblaku.