V Markdownu je težko upravljati povezave v stilu citiranja, zlasti pri delu s strukturiranimi referencami, kot je [EEAAO] . Razvijalci lahko učinkovito izvlečejo in uredijo te povezave za različne aplikacije, vključno z dokumentacijo in blogi, z uporabo tekočine . Ta priročnik zagotavlja optimalne delovne tokove z izpostavitvijo različnih načinov in zagotavljanjem primerov v resničnem svetu.

Krmarjenje po zapleteni pokrajini hiperpovezav v e-poštnih sporočilih HTML odkrije običajno neskladje med različnimi platformami, zlasti med namiznimi aplikacijami, kot je Outlook, in mobilnimi ali spletnimi odjemalci, vključno z aplikacijo Gmail. Kljub odstranitvi stila CSS iz oznake ostaja povezav v določenih okoljih nemogoče klikniti, kar sproža vprašanja o osnovnih težavah, kot so varnostne blokade ali razlike v upodabljanju HTML.