Ohranjanje jasne in temeljite dokumentacije zahteva razumevanje, kako doxygen obravnava dedovanje v več c ++ . Osnovni razredi se pogosto identificirajo pri uporabi datotek oznak , čeprav izpeljani razredi iz drugih projektov morda niso prisotni. S pravilno konfiguriranjem, združevanjem datotek z oznakami in vklopom dodatnih nastavitev, kot je have_dot , je mogoče to težavo rešiti. Z uveljavljanjem teh taktik lahko razvijalci lažje krmarijo po velikih sistemih, ker je celotna hierarhija razreda natančno prikazana.