Aby wykresy sieciowe były zrozumiałe i ustrukturyzowane, węzły muszą być ustawione dokładnie w rgraphviz . Chociaż funkcja POS pozwala na ręczne umieszczenie, użytkownicy często napotykają trudności w sprawieniu poprawnego funkcjonowania. Konsekwentne układy można osiągnąć, wykorzystując strategie, takie jak aktualizacja plików DOT i ustawianie lokalizacji za pomocą pin = true . Zastosowania takie jak przepływy pracy i sieci bayesowskie korzystają znacznie z tych metod. Kluczowy element reprezentacji danych opartych na wykresach, poprawne wyrównanie węzłów zwiększa jakość interpretacji i wizualizacji.