Failu šifrēšana iPad pirms to pievienošanas GitHub ir būtiska datu drošības uzturēšanai. Lietotnes WorkingCopy izmantošana failu rediģēšanai un nosūtīšanai tieši neatbalsta šifrēšanu. Tomēr failu šifrēšanai varat izmantot Python bibliotēku pyAesCrypt vai iSH lietotni ar OpenSSL. Turklāt trešo pušu lietotnes, piemēram, Cryptomator, piedāvā drošus risinājumus šifrētu failu glabāšanai mākoņpakalpojumos.