Norint išlaikyti duomenų saugumą, būtina užšifruoti failus „iPad“ prieš įtraukiant juos į „GitHub“. Naudojant WorkingCopy programą failams redaguoti ir stumti, šifravimas tiesiogiai nepalaikomas. Tačiau failams šifruoti galite naudoti Python pyAesCrypt biblioteką arba iSH programą su OpenSSL. Be to, trečiųjų šalių programos, pvz., Cryptomator, siūlo saugius sprendimus, kaip saugoti šifruotus failus debesijos paslaugose.