Nagios konfigūracijų valdymas, siekiant valdyti pranešimus ne darbo valandomis, yra būtinas norint išlaikyti sistemos vientisumą ir sumažinti perspėjimo nuovargį. Tinkamas įdiegimas užtikrina, kad pranešimai atitiktų nurodytus laikotarpius, ypač serveriams, kurių nereikia stebėti per naktį. Iššūkiai apima tikslių laikotarpių apibrėžimų užtikrinimą ir teisingą šių laikotarpių susiejimą su pagrindinio kompiuterio ir paslaugų konfigūracijomis.