Dėl suderinamumo problemų naudojant MinGW GCC kompiliuoti C/C++ programas WSL failų sistemoje gali būti sunku. Klaidos, pvz., nesugebėjimas valdyti specifinių „Linux“ funkcijų arba sukurti aprėpties failus, dažnai sukelia darbo eigos trikdžius. Siekiant išlaikyti tikslumą ir efektyvumą supaprastinant kelių platformų programavimą, šiame straipsnyje nagrinėjamos tinkamos parinktys.