Affinché i grafici di rete siano comprensibili e strutturati, i nodi devono essere posizionati proprio in rGraphviz . Sebbene la funzionalità POS consenta il posizionamento manuale, gli utenti incontrano spesso difficoltà nel farlo funzionare correttamente. I layout coerenti possono essere ottenuti utilizzando strategie come l'aggiornamento dei file DOT e l'impostazione di posizioni con pin = true . Applicazioni come i flussi di lavoro di processo e le reti bayesiane beneficiano notevolmente da questi metodi. Un componente cruciale della rappresentazione dei dati basata su grafici, l'allineamento del nodo corretto migliora la qualità di interpretabilità e visualizzazione.