Agar grafik jaringan dapat dimengerti dan terstruktur, node harus diposisikan secara tepat dalam rgraphviz . Meskipun fitur pos memungkinkan penempatan manual, pengguna sering mengalami kesulitan dalam membuatnya berfungsi dengan baik. Tata letak yang konsisten dapat dicapai dengan menggunakan strategi seperti memperbarui file dot dan mengatur lokasi dengan pin = true . Aplikasi seperti alur kerja proses dan jaringan Bayesian mendapat manfaat besar dari metode ini. Komponen penting dari representasi data berbasis grafik, penyelarasan simpul yang benar meningkatkan interpretabilitas dan kualitas visualisasi.