A fájlok titkosítása iPaden a GitHubon való elhelyezés előtt elengedhetetlen az adatbiztonság fenntartásához. A WorkingCopy alkalmazás használata fájlok szerkesztésére és leküldésére nem támogatja közvetlenül a titkosítást. A fájlok titkosításához azonban használhatja a Python pyAesCrypt könyvtárát vagy az iSH alkalmazást az OpenSSL használatával. Ezenkívül a harmadik féltől származó alkalmazások, például a Cryptomator biztonságos megoldásokat kínálnak a titkosított fájlok felhőszolgáltatásokban való tárolására.