A Nagios konfigurációk kezelése az értesítések üzemidőn kívüli vezérléséhez elengedhetetlen a rendszer integritásának megőrzéséhez és a riasztási fáradtság csökkentéséhez. A megfelelő megvalósítás biztosítja, hogy az értesítések meghatározott időtartamokhoz vonatkozzanak, különösen azon szerverek esetében, amelyeket nem szabad egyik napról a másikra figyelni. A kihívások közé tartozik a pontos időperiódus-definíciók biztosítása, valamint ezen időszakok helyes összekapcsolása a gazdagép- és szolgáltatáskonfigurációkkal.