Ha a Node.js-t Linuxon használja, ez a probléma azért merül fel, mert bizonyos könyvtárak hibát jeleznek, mivel nem kompatibilisek az operációs rendszerrel, különösen, ha JSON fájlokkal dolgozik. A probléma forrása gyakran a kifejezetten a Windows 64 bites számítógépekhez készült könyvtárak. Ezt a fejlesztők a Node.js modulok, például az „os” modulok használatával oldhatják meg a platformkompatibilitás ellenőrzésére, illetve más platformközi eszközök használatával. Az egyéb megoldások közé tartozik a Windows szimulációja Linuxon virtuális környezetekkel vagy konténerezéssel, amely lehetővé teszi a platformok közötti fejlesztést.