Tiedostojen salaus iPadilla ennen niiden sitomista GitHubiin on välttämätöntä tietoturvan ylläpitämiseksi. WorkingCopy-sovelluksen käyttäminen tiedostojen muokkaamiseen ja työntämiseen ei tue salausta suoraan. Voit kuitenkin käyttää Pythonin pyAesCrypt-kirjastoa tai iSH-sovellusta, jossa on OpenSSL tiedostojen salaamiseen. Lisäksi kolmannen osapuolen sovellukset, kuten Cryptomator, tarjoavat turvallisia ratkaisuja salattujen tiedostojen tallentamiseen pilvipalveluihin.