Kui võrgugraafikud oleksid mõistetavad ja struktureeritud, tuleb sõlmed täpselt paigutada rgraphviz . Kuigi funktsioon pos võimaldab käsitsi paigutamist, satuvad kasutajad selle korralikuks toimimisel sageli raskusi. Järjepidevaid paigutusi saab saavutada, kasutades selliseid strateegiaid nagu DOT -failide värskendamine ja asukohtade seadistamine pin = true abil. Sellised rakendused nagu protsess töövood ja Bayesian Networks on nendest meetoditest palju kasu. Graafipõhise andmete esituse oluline komponent, õige sõlme joondamine suurendab tõlgendatavust ja visualiseerimise kvaliteeti.