Ühilduvusprobleemid võivad muuta MinGW GCC kasutamise WSL-failisüsteemis C/C++ programmide kompileerimiseks keeruliseks. Vead, nagu suutmatus hallata Linuxi spetsiifilisi funktsioone või luua katte faile, põhjustavad sageli töövoo häireid. Täpsuse ja tõhususe säilitamiseks platvormideülese programmeerimise sujuvamaks muutmiseks uuritakse selles artiklis toimivaid valikuid.