Node.js-i kasutamisel Linuxis tekib see probleem, kuna teatud teegid põhjustavad tõrke, kuna need ei ühildu operatsioonisüsteemiga, eriti kui töötate JSON-failidega. Sageli on probleemi allikaks spetsiaalselt Windowsi 64-bitiste arvutite jaoks loodud teegid. Selle saavad lahendada arendajad, kes kasutavad platvormi ühilduvuse kontrollimiseks mooduleid Node.js (nt "os") ja muid platvormidevahelisi tööriistu. Muude lahenduste hulka kuulub Windowsi simuleerimine Linuxis virtuaalkeskkondade või konteineriseerimisega, mis võimaldab platvormidevahelist arendust.