Για να είναι κατανοητά και δομημένα γραφήματα δικτύου, οι κόμβοι πρέπει να τοποθετούνται ακριβώς σε rgraphviz . Παρόλο που η λειτουργία POS επιτρέπει τη χειροκίνητη τοποθέτηση, οι χρήστες αντιμετωπίζουν συχνά δυσκολίες για να λειτουργήσουν σωστά. Οι συνεπείς διατάξεις μπορούν να επιτευχθούν με τη χρήση στρατηγικών όπως η ενημέρωση των αρχείων DOT και των θέσεων ρύθμισης με pin = true . Οι εφαρμογές όπως οι ροές εργασίας και τα Bayesian δίκτυα επωφελούνται σε μεγάλο βαθμό από αυτές τις μεθόδους. Ένα κρίσιμο στοιχείο της αναπαράστασης δεδομένων που βασίζεται σε γραφήματα, η σωστή ευθυγράμμιση των κόμβων ενισχύει την ερμηνεία και την ποιότητα απεικόνισης.