Η εφαρμογή του Gophish σε ένα Linux VPS περιλαμβάνει μια σειρά βημάτων, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης του περιβάλλοντος, της διαμόρφωσης του συστήματος ώστε να διατηρείται η εφαρμογή σε λειτουργία και της προσαρμογής των ρυθμίσεων για τη διασφάλιση της λειτουργικότητας. Παρά αυτές τις προσπάθειες, οι χρήστες ενδέχεται να αντιμετωπίσουν προβλήματα με τους συνδέσμους προτύπων που δεν κατευθύνονται σωστά.