Aby byly síťové grafy pochopitelné a strukturovány, musí být uzly umístěny přesně v rGraphviz . Ačkoli funkce POS umožňuje manuální umístění, uživatelé často narazí na potíže s tím, aby fungovala správně. Konzistentní rozvržení lze dosáhnout využitím strategií, jako je aktualizace souborů DOT a nastavení umístění pomocí pin = true . Aplikace, jako jsou procesní pracovní postupy a Bayesovské sítě, z těchto metod velmi těží. Správná součást reprezentace dat založených na grafu, správné zarovnání uzlů, zvyšuje interpretovatelnost a kvalitu vizualizace.