Šifrování souborů na iPadu před jejich odesláním na GitHub je zásadní pro zachování bezpečnosti dat. Používání aplikace WorkingCopy pro úpravy a vkládání souborů nepodporuje přímo šifrování. K šifrování souborů však můžete použít knihovnu pyAesCrypt Pythonu nebo aplikaci iSH s OpenSSL. Aplikace třetích stran, jako je Cryptomator, navíc nabízejí bezpečná řešení pro ukládání šifrovaných souborů v cloudových službách.