Při použití Node.js na Linuxu tento problém nastává, protože určité knihovny vyvolávají chybu, protože nejsou kompatibilní s OS, zejména při práci se soubory JSON. Knihovny vytvořené speciálně pro 64bitové počítače Windows jsou často zdrojem problému. To mohou vývojáři vyřešit pomocí modulů Node.js, jako je „os“, ke kontrole kompatibility platformy a pomocí dalších nástrojů pro různé platformy. Mezi další řešení patří simulace Windows na Linuxu pomocí virtuálních prostředí nebo kontejnerizace, která umožňuje vývoj napříč platformami.