يعد تشفير الملفات على جهاز iPad قبل إلزامها بـ GitHub أمرًا ضروريًا للحفاظ على أمان البيانات. إن استخدام تطبيق WorkingCopy لتحرير الملفات ودفعها لا يدعم التشفير مباشرة. ومع ذلك، يمكنك استخدام مكتبة Python pyAesCrypt أو تطبيق iSH مع OpenSSL لتشفير الملفات. بالإضافة إلى ذلك، تقدم تطبيقات الجهات الخارجية مثل Cryptomator حلولاً آمنة لتخزين الملفات المشفرة في الخدمات السحابية.